Usar o suporte ao mysql gis melhorará suas velocidades, pois foi criado para isso. Se você está constantemente lendo e comparando distâncias, vale a pena usar o postgis, que é um banco de dados geoespacial de suporte completo. Ele permitirá que você indexe seus pontos para consultas de distância eficientes. O MySQL fornece suporte limitado e depende do GEOS http://trac.osgeo.org/geos/

http://forge.mysql.com/wiki/GIS_Functions

http://postgis.refractions.net/

O link mais relevante para isso foi postado por um comentário de Anigel, ele dá uma resposta exata à sua pergunta A maneira mais rápida de encontrar a distância entre dois pontos de latitude/longitude