Você pode recriar as funções mysql e usar mysqli nelas. Isso não é realmente limpo, mas funcionará e é uma solução rápida até que você possa refatorar seu aplicativo
Por exemplo:
function mysql_connect($host, $username, $password, $db) {
return mysqli_connect($host, $username, $password, $db);
}
function mysql_query($query){
return $mysqli_query($query);
}