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Como recalcular o índice primário?

set @pk:=0;

update 
  your_table
  set [email protected]:[email protected]+1
  order by pk;       <-- order by original pk

Na minha opinião, ter uma chave substituta grande é bom. Provavelmente, você provavelmente não usará todo o número inteiro máximo permitido. Considere que você pode dobrar usando unsigned.