Mysql
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Na chave duplicada, atualize apenas valores nulos ou vazios


Tente isso com coalesce 
   ON DUPLICATE KEY UPDATE 
   wp_second.GEARTYPE= COALESCE(wp_first.vessel_type, wp_second.GEARTYPE),
   wp_second.flag= COALESCE(wp_first.flag, wp_second.flag),
   wp_second.vname= COALESCE(wp_first.vessel_name, wp_second.vname)

? é o valor que você quer ser se null