A resposta está no seu pseudo código. A maneira mais relevante de armazenar seus dados é em uma tabela com três colunas:
x e y e value e uma restrição exclusiva nas duas primeiras colunas. o conjunto de dados fornecido em seu exemplo seria traduzido da seguinte maneira:
x y value
----------------
762 635 26.23
762 762 28.41
762 889 30.60
1016 635 27.61
1016 762 29.91
1016 889 32.31
1270 635 29.06
1270 762 31.48
1270 889 33.91
Com essa estrutura de tabela, essa é uma consulta simples agora:
select value from mytable where x = 762 and y = 889
