Como você disse, seu persistence.xml está em
src/main/resources então pode ser que não consiga ler você deve colocá-lo em
src/main/resources/META-INF Mais uma coisa acrescente
<property name="openjpa.jdbc.SynchronizeMappings" value="buildSchema(ForeignKeys=true)"/>
para o seu persistence.xml.
Se você adicionar o
openjpa.jdbc.SynchronizeMappings como mostrado abaixo, o OpenJPA criará automaticamente todas as suas tabelas, todas as suas chaves primárias e todas as chaves estrangeiras exatamente para corresponder aos seus objetos 
