Da sua pergunta, suponho que você possa trabalhar perfeitamente com seu banco de dados, mas esse erro ocorre frequentemente após um determinado tempo em que a conexão está ativa ...
Supondo que você esteja usando
node-mysql Fonte:https://github.com/felixge/node-mysql #tratamento de erros
Seu erro encerra sua conexão com o banco de dados:
// I am Chuck Norris:
connection.on('error', function() {});
A partir disso, você pode verificar o status da conexão e realizar uma reconexão, se necessário.
Você também pode tentar se conectar manualmente ao seu serviço mysql e alterar o tempo limite da solicitação:
wait_timeout” : the amount of seconds during inactivity that MySQL will wait before it will close a connection on a non-interactive connection in seconds.
http://www.serveridol.com/2012/ 13/04/mysql-interactive_timeout-vs-wait_timeout/
https://support.rackspace.com/how-to/how-to-change-the-mysql-timeout-on-a-server/
