Você pode usar facilmente um banco de dados de dois (ou muitos mais) aplicativos. Você só precisa do nome do host para acessar o banco de dados de qualquer lugar. Por exemplo, se o host do seu banco de dados for qualquer.secureserver.net, basta colocar isso nos parâmetros de conexão da seguinte forma:
$connection = mysql_connect('whatever.secureserver.net', 'username', 'password');
Você pode fazer isso em dois três, quatro ..etc. diferentes aplicativos acessando o mesmo banco de dados. No entanto, você precisa garantir que o banco de dados permita conexões remotas se os aplicativos forem remotos em relação ao banco de dados.
Se você quiser usar dois bancos de dados (db1 e db2 neste exemplo) em um aplicativo, você pode fazer o seguinte -
Se os bancos de dados estiverem no mesmo servidor:
$connection1 = mysql_connect('whatever.secureserver.net', 'username', 'password');
$db1_selected = mysql_select_db('db1', $connection1);
$db2_selected = mysql_select_db('db2', $connection1);
Se os bancos de dados estiverem em servidores diferentes:
$connection1 = mysql_connect('whatever.secureserver.net', 'username', 'password');
$connection2 = mysql_connect('somethingelse.secureserver.net', 'username', 'password');
$db1_selected = mysql_select_db('db1', $connection1);
$db2_selected = mysql_select_db('db2', $connection2);
Existe uma maneira mais elegante de lidar com conexões de banco de dados, é claro, mas eu escolhi esta resposta detalhada para que seja claramente explicada para você.