Acho que é isso que você quer:
SELECT date(time),
count(distinct userid) / cd.cnt
FROM activity_entries ae join
(select count(distinct userid) as cnt
from activity_entries) cd
GROUP BY date(time);
Ele usa uma subconsulta para calcular o total de usuários distintos na tabela e, em seguida, divide o número de usuários em cada dia para obter a proporção.
