Se você precisar implementar essa medida de segurança, eu configuraria um túnel SSH criptografado. No servidor web:

ssh -L 3306:localhost:3306 -N [email protected]

Em seguida, conecte-se ao MySQL em 127.0.0.1 em seu aplicativo da Web e ele será encaminhado ao servidor MySQL remoto por meio de um túnel SSH criptografado.