Basta passar
--em parâmetro ao gerar diff . Exemplo:
php app/console doctrine:migrations:diff --em=uac # will use uac entity manager
php app/console doctrine:migrations:diff # will use the default entity manager
Para excluir tabelas personalizadas da remoção, use:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(?!t_)~
conforme este document, alternativamente você pode passar o argumento de filtro no tempo de execução:
app/console doctrine:migrations:diff --em=uac --filter-expression=/whatever/
