Opinião pessoal:Você não deve usar o MyISAM para nada novo. O InnoDB suporta uma tonelada de recursos que o MyISAM não suporta, sendo o mais importante transações, seguido por integridade referencial e vários outros itens.

Muitas pessoas tentarão argumentar que o MyISAM é mais rápido e, portanto, ainda tem um lugar, mas a) essa lacuna diminuiu consideravelmente, e as acelerações podem ser feitas fora do banco de dados (ou seja, memcached, etc), e b) um banco de dados rápido com dados ruins não é tão útil.