Você não tem função de agregação, então você deve usar distinct e não agrupar por
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
order by pid
e se você precisar apenas das linhas com dígito
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
order by pid
e para o número de linhas
SELECT SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
group by SUBSTRING(`page_url`,-3)
order by count(*)