Mover $path = "images/"; dentro do laço for. Caso contrário, você está anexando ao nome do arquivo sem redefini-lo após cada iteração. Na verdade, você não precisa usar uma variável para esse prefixo. Você pode simplesmente escrever 'images/' . md5(uniqid()) . "." . $ext[count($ext)-1] imediatamente.

Para gravar os valores no banco de dados, você também pode executar a consulta em cada iteração ou adicionar os caminhos a uma matriz que é transformada na lista de inserção separada por vírgulas de acordo com a sintaxe SQL.