O anexo PHP no email está vazio

Teria ajudado você a dar uma olhada em seus logs de erros ou pelo menos configurar

ini_set('error_reporting', E_ALL);
ini_set('display_errors', 1);

pois isso teria dito a você que base64_encode espera uma string, mas $ output é um recurso.

Tente configurar

ob_start();

ao início e

$output = ob_get_flush();

entre suas linhas fclose e $encoded.

ainda não tentei o e-mail, mas isso deve ajudá-lo pelo menos um pouco :)

Eu tentei este código e tudo funcionou bem:

<?php
ob_start();
header('Content-Type: text/csv; charset=utf-8');
header('Content-Disposition: attachment; filename=surveys.csv');

$output = fopen('php://output', 'w');
fputcsv($output, array('Name', 'Branch', 'Website','Company', 'Question1', 'Question2', 'Question3', 'Question4', 'Question5'));
$data = array();
$data[] = array('Name', 'Branch', 'Website','Company', 'Question1', 'Question2', 'Question3', 'Question4', 'Question5');

foreach( $data as $row )
{
    fputcsv($output, $row, ',', '"');
}
fclose($output);

$output = ob_get_flush();

$encoded = chunk_split(base64_encode($output));