As transações são atômicas apenas em relação a outras conexões de banco de dados que tentam usar os mesmos dados, ou seja, outras conexões verão não alterações feitas por sua transação ou todas mudanças; "atômico" significando que nenhuma outra conexão de banco de dados verá um estado intermediário com alguns dados atualizados e outros não.

O código PHP entre as consultas não quebrará a atomicidade e não importa onde você prepara suas instruções.