Por que essa pergunta é um pouco datada, imaginei compartilhar minha descoberta para aqueles que estão tendo problemas semelhantes com o uso de arquivos de despejo que são um pouco grandes.

Para permitir atualizações por meio de arquivos de despejo grandes, o MySQL deve ser configurado para lidar com tamanhos de pacotes maiores. Estas são as seguintes etapas para atualizar o arquivo:

1. Navegue até o arquivo de configuração do MySQL. Esta pergunta SO é uma excelente referência para encontrá-lo.
2. Encontre o max_allowed_packet opção. Se não existir, crie-o. Você deve definir o tamanho para refletir suas necessidades com base nos arquivos de despejo que estiver usando, ou seja, max_allowed_packet=500M define o tamanho máximo do pacote para 500 MB. Esta pergunta SO pode ajudar a fornecer maiores explicações e referências para obter mais informações.
3. Reinicie o MySQL. Se você definiu o tamanho máximo do pacote adequadamente para suas necessidades, não deverá mais ter problemas com esse erro. Se os erros persistirem e você tiver definido o tamanho adequadamente, talvez seja necessário explorar opções de configuração adicionais. Esta página tem algumas informações excelentes para ajudá-lo a explorar ainda mais.