Como teresko diz, os nomes MySQL diferenciam maiúsculas de minúsculas em plataformas *NIX e não diferenciam maiúsculas de minúsculas no Windows. Se você desenvolver código para dar suporte a ambos (como eu), misturar seus casos pode causar grandes dores de cabeça:por exemplo, despeje um banco de dados no Windows e restaure-o no *NIX e todos os seus casos serão perdidos. Na verdade, tivemos que usar códigos kludge para detectar e corrigir os casos em um dump apenas por esse motivo.

Se você está livre do Windows, não importa o que você usa, contanto que você o mantenha consistente.