Honestamente, se essas coisas são bloqueadoras para você, não use o Django. Eu sou um defensor muito forte do Django, mas se você sente que ele não atende às suas necessidades, você deve optar por outra coisa.

Devo dizer, porém, que essas são coisas estranhas para se fixar. Não consigo imaginar por que um campo de chave primária extra em uma tabela M2M intermediária seria um problema. (Observe, no entanto, que campos compostos - incluindo PKs - foram objeto de um projeto Summer of Code este ano e parecem prontos para serem mesclados - consulte https://groups.google.com/forum/#!topic/django-developers/CD7OrkJ63zc )

E novamente, por que a falta de padrões no nível SQL "torna a vida mais difícil" é difícil de entender:se você está fazendo tudo através do ORM do Django, onde o padrão é aplicado não faz diferença; além disso, como Adrian disse nesse ticket, fazer isso em SQL reduziria a funcionalidade atual, tornando impossíveis coisas como padrões que podem ser chamados.

Além disso, você deve refletir sobre por que está deixando esses detalhes relativamente triviais ofuscarem os grandes benefícios que o Django oferece:ORM expressivo, linguagem de template, comunidade próspera, grande número de aplicativos de terceiros... você é livre para escolher outra coisa se realmente não funcionar para você.