Eu já tive esse problema antes. A propriedade ConnectTimeout se aplica apenas a tempos limite que ocorrem ao conectar-se ao banco de dados, não para consultas.

ComandoTimeout no entanto, especifica quanto tempo deve aguardar o retorno da consulta. Eu acredito que o padrão é 30 segundos. Verifique a documentação da sua biblioteca MySql, mas para SqlCommand o CommandTimeout está em segundos e não em milissegundos.