Eles são aliases de tabela, portanto, você não precisa especificar o nome inteiro da tabela quando precisar fazer referência.
Para obter apenas os registros numerados ímpares, use:
SELECT x.*
FROM (SELECT u.pg_id AS ID,
u.pg_url AS URL,
u.pg_title AS Title,
u.pg_content_1 AS Content,
@rownum := @rownum + 1 AS rownum
FROM root_pages u
JOIN (SELECT @rownum := 0) r
WHERE u.parent_id = '7'
AND u.pg_id != '7'
AND u.pg_cat_id = '2'
AND u.pg_hide != '1'
ORDER BY u.pg_created DESC) x
WHERE x.rownum % 2 != 0
Para obter os registros pares, use:
SELECT x.*
FROM (SELECT u.pg_id AS ID,
u.pg_url AS URL,
u.pg_title AS Title,
u.pg_content_1 AS Content,
@rownum := @rownum + 1 AS rownum
FROM root_pages u
JOIN (SELECT @rownum := 0) r
WHERE u.parent_id = '7'
AND u.pg_id != '7'
AND u.pg_cat_id = '2'
AND u.pg_hide != '1'
ORDER BY u.pg_created DESC) x
WHERE x.rownum % 2 = 0
Explicação
O
% é o operador de módulo na sintaxe do MySQL -- ele retorna o restante da divisão. Por exemplo, 1% 2 é 0,5, enquanto 2% 2 é zero. Isso é usado na cláusula WHERE para filtrar as linhas exibidas. 
