Há um limite de tamanho de arquivo de 2 GB por algum motivo, a maneira mais fácil de contornar isso é usando
split :mysqldump ... | split -b 250m - filename.sql-
Você também pode compactar os arquivos assim:
mysqldump ... | gzip -9c | split -b 250m - filename.sql.gz-
Para restaurar de um arquivo não compactado, faça o seguinte:
cat filename.sql-* | mysql ...
Para um arquivo compactado:
cat filename.sql-* | zcat | mysql ...
Claro que se você quiser um único arquivo, você pode então
tar o resultado. Obviamente você pode substituir o
250m com um tamanho diferente, se desejar. 
