UPDATE table AS t
JOIN table AS tt
ON t.initials = tt.initials
AND t.surname = tt.surname
AND t.company = tt.company
AND t.id > tt.id
SET t.active = 1;
Ou seja, para cada linha, atualize-a se existir outra linha com id menor, com as mesmas iniciais, sobrenome e empresa.
Aqui está um sqlfiddle por isso.
