É um bug na versão 6.3.9 para Mac. As aspas só funcionarão se você estiver usando o "layout de teclado padrão dos EUA".

Mas você pode configurar apenas o Workbench para usar o layout de teclado americano, mantendo outros aplicativos com seu layout nativo:

• Vá para Preferências do Sistema> Teclado> Fontes de Entrada
• Ativar layouts de teclado do estande (seu e dos EUA)
• Marque "Mostrar barra de menu de entrada" e "Alternar automaticamente para a fonte de entrada de um documento"
• Em seguida, com o aplicativo MySQLWorkbench ativo, altere seu teclado para US usando o ícone na barra de menus do Mac

Não é a solução mais bonita. Mas funciona.