Finalmente capaz de se conectar de instâncias GCE de IP dinâmico ao banco de dados Google Cloud SQL por meio do proxy Google Cloud Sql. Como havia variantes (same-project-app-to-db, different-project-app-to-db) e eu também queria manter algumas informações de conexão do App-engine-to-Cloud-SQL por perto para quem precisar , fez um pequeno artigo sobre isso e colocou em https://roshandawrani.wordpress.com/2016/09/22/connecting-from-gce-gae-java-to-google-cloud-sql/ . Espero que não haja problema em deixar o link aqui para as informações detalhadas em vez de reproduzir tudo aqui novamente. Felicidades.