Mysql
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Como faço para aumentar a velocidade dessa análise de dados?


Você não mostra sua estrutura de chave, embora mostre que site_id faz parte de uma chave de várias partes (MUL ). observe que, se não for o PRIMEIRO campo nessa chave de várias partes, a chave não poderá ser usada para essa cláusula where. ex., se você tiver
KEY somekey (field1, site_id, field3, ...)

então sua cláusula where deve incluir AMBOS field e site_id para que essa chave seja utilizável na consulta. Você não precisa usar os campos na mesma ordem em que estão listados na chave (where site_id=.. and field1=... funcionará da mesma forma que where field1=... and site_id=... ), mas como field1 aparece antes do site_id na definição da chave, você deve usá-lo também para que a chave inteira seja utilizável.

O mesmo vale para seu q campo. Ele também deve ser o primeiro nas chaves que estão sendo cobertas, ou essas chaves não podem ser usadas.