Percebo que este é um tópico antigo, mas ao pesquisar esse problema no Google não consegui encontrar uma solução simples (vi os veneráveis agentes, mas acho que essa é uma solução mais simples), então aqui está uma função que escrevi, parece funcionar muito bem.
DROP FUNCTION IF EXISTS STRIP_NON_DIGIT;
DELIMITER $$
CREATE FUNCTION STRIP_NON_DIGIT(input VARCHAR(255))
RETURNS VARCHAR(255)
BEGIN
DECLARE output VARCHAR(255) DEFAULT '';
DECLARE iterator INT DEFAULT 1;
WHILE iterator < (LENGTH(input) + 1) DO
IF SUBSTRING(input, iterator, 1) IN ( '0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9' ) THEN
SET output = CONCAT(output, SUBSTRING(input, iterator, 1));
END IF;
SET iterator = iterator + 1;
END WHILE;
RETURN output;
END
$$
