Além disso, o driver MySQL JDBC foi aprimorado por um longo período e possui vários ajustes de otimização, como armazenamento em cache de metadados. Eu ficaria surpreso se os desenvolvedores de JDBC tivessem deixado muita sobrecarga de TCP/IP no driver.

Passar de JNI para a implementação baseada em C provavelmente custaria mais em pular para o código nativo do que pode ser obtido com a redução da sobrecarga de TCP/IP.

Se você realmente deseja eliminar a sobrecarga do TCP/IP, considere usar um banco de dados embutido como sqlite, derby ou hypersonic.