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MySQL, PHP:Selecione * da tabela onde o id não está na matriz


No caso de $all é a matriz da qual você deseja extrair os IDs indesejados, isso pode ser o que você precisa após o código que você forneceu:
$ids_to_exclude = array();

// iterate through servers
foreach ($all as $server_id => $dates) {
    // iterate through dates of each server
    foreach ($dates as $date => $id) {
        // If a value is not in the array, add it.
        // In case ids don't repeat, you won't need this if
        if (!in_array($id, $ids_to_exclude)) {
             // add $id to the array
             $ids_to_exclude[] = $id;
        }
    }
}

$sql_condition = "where `id` not in (".implode(",",$ids_to_exclude).")";

Apenas tome cuidado ao escrever consultas com concatenação de strings. Leia sobre SQL Injection e como prevenir. Use Declarações Preparadas em vez de pura concatenação.