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Como posso armazenar a saída de uma consulta em uma tabela temporária e usar a tabela em uma nova consulta?


Isso é muito simples:
CREATE TEMPORARY TABLE tempname  AS (    
    SELECT whatever, whatever
      FROM rawtable
      JOIN othertable ON this = that
)

A tabela temporária desaparecerá quando sua conexão for fechada. Uma tabela temporária contém os dados que foram capturados no momento em que foi criada.

Você também pode criar uma visão, assim.
CREATE VIEW viewname AS (    
    SELECT whatever, whatever
      FROM rawtable
      JOIN othertable ON this = that
)

As visualizações são objetos permanentes (elas não desaparecem quando sua conexão é encerrada), mas recuperam dados das tabelas subjacentes no momento em que você as invoca.