A melhor maneira de obter uma exclusão reversível com o Hibernate é usar a anotação @SQLDelete em suas classes.
verifique se seu mapeamento está definido para exclusão em cascata
chamar session.delete(yourClass) deve obter sua exclusão reversível
Documento de hibernação
//used to overide the normal delete behavior
@SQLDelete(sql="UPDATE (table_name) SET deleted = '1' WHERE id = ?")
//optional Use this to exclude deleted element from get
@Where(clause="deleted <> '1'")
//OR (Filter may also be used if you need to load deleted items occasionally)
@FilterDef(name="ProductFilter",defaultCondition="deleted <> 1 ")