Isso ocorre porque o índice que você criou também ocupa espaço. No caso de um índice clusterizado no InnoDB, os dados da linha são realmente armazenados dentro dos nós folha do índice, portanto, quando o índice é usado, o índice não aponta para a linha, mas aponta para o nó folha do índice que contém os dados da linha ao longo com a PKEY.

Isso fez com que o armazenamento fosse muito maior.

Dê uma olhada aqui