A source command é um comando específico do cliente puro (linha de comando) que o MySQL Workbench não suporta. Basta carregar o arquivo sql para executá-lo.

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Seu arquivo SQL contém DDL. LOAD DATA INFILE no entanto, apenas importa DML. Não há substituto para o SOURCE do cliente de linha de comando MySQL comando. O suporte para isso no MySQL Workbench está, no entanto, em nossa lista de tarefas.