Você pode usar
INSERT INTO .. ON DUPLICATE KEY UPDATE para atualizar várias linhas com valores diferentes. Você precisa de um índice exclusivo (como uma chave primária) para fazer a parte "chave duplicada" funcionar
Exemplo:
INSERT INTO table (a,b,c) VALUES (1,2,3),(4,5,6)
ON DUPLICATE KEY UPDATE b = VALUES(b), c = VALUES(c);
-- VALUES(x) points back to the value you gave for field x
-- so for b it is 2 and 5, for c it is 3 and 6 for rows 1 and 4 respectively (if you assume that a is your unique key field)
Se você tiver um caso específico, posso lhe dar a consulta exata.
