Você não pode usar @GeneratedValue com @EmbeddedId , @Embeddable ou @IdClass , o @GeneratedValue anotação é ignorada.Você precisa atribuir os valores manualmente.

Verifique as seguintes referências:

https://java.net/jira/browse/GLASSFISH-13567

https://forums.hibernate.org/viewtopic.php?p=2393944&sid =57b20ef2c7de6f6bcba632130987bc22