P Por que a mesma consulta exata produz 2 resultados explicativos diferentes do MySQL?

A Porque algo está diferente. Se não estiver na consulta, entre as duas tabelas ou instâncias de banco de dados.

Todos estes devem ser revistos, para encontrar a diferença:

• Eles estão rodando na mesma versão do MySQL (SHOW VARIABLES LIKE '%version%' )
• As instâncias estão executando o mesmo conjunto de caracteres (SHOW [GLOBAL] VARIABLES LIKE 'character_set%' )
• As colunas da tabela estão usando o mesmo conjunto de caracteres (SHOW CREATE TABLE )
• As duas tabelas estão usando o mesmo mecanismo de armazenamento? (SHOW CREATE TABLE )
• Se a chave primária for uma chave composta, as colunas estão na mesma ordem (SHOW CREATE TABLE )
• As estatísticas estão atualizadas e precisas?
• Uma das tabelas está fragmentada devido a muitas atividades de inserção, atualização e exclusão?
• O cache de chave MyISAM ou os buffers do InnoDB são do mesmo tamanho nos dois servidores?