Encontrei exatamente o mesmo problema hoje depois de fazer uma alteração que não deve afetar o Doctrine de forma alguma (alterei um Twig modelo). Depois de algum tempo, percebi que, como é um erro de compilação estranho em um momento estranho, provavelmente restarting php-fpm faria o truque. E isso aconteceu.

Talvez reiniciar o Apache faça o mesmo se você estiver em mod_php .