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Remodelar a tabela no MySQL ou R


Na base R, a função a ser usada seria reshape , e você converteria seus dados de "longo" para "largo".
reshape(mydf, direction = "wide", idvar="perid", timevar="date")
#   perid rating.2005 rating.2006 rating.2007 rating.2008 rating.2009 rating.2010 rating.2011
# 1 10001          RD          GN          GD        <NA>        <NA>        <NA>        <NA>
# 4 10002        <NA>        <NA>        <NA>          GD          YW          GN          GN
# 8 10003          GD          GN          YW        <NA>        <NA>        <NA>        <NA>

Alternativamente, você pode ver dcast do pacote "reshape2" e tente:
library(reshape2)
dcast(mydf, perid ~ date, value.var="rating")
#   perid 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011
# 1 10001   RD   GN   GD <NA> <NA> <NA> <NA>
# 2 10002 <NA> <NA> <NA>   GD   YW   GN   GN
# 3 10003   GD   GN   YW <NA> <NA> <NA> <NA>

Para maior velocidade, converta seu data.frame para um data.table e use dcast.data.table em vez de.
library(reshape2)
library(data.table)
DT <- data.table(mydf)
dcast.data.table(DT, perid ~ date, value.var = "rating")
#    perid 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011
# 1: 10001   RD   GN   GD   NA   NA   NA   NA
# 2: 10002   NA   NA   NA   GD   YW   GN   GN
# 3: 10003   GD   GN   YW   NA   NA   NA   NA

De seus comentários, parece que você duplicou valores entre as combinações das colunas 1 e 2, o que significa que, por padrão, dcast usará length como sua função de agregação.

Para superar isso, você precisa criar uma coluna secundária de ID (ou "hora", na verdade), que pode ser feita assim.

Primeiro, alguns dados de exemplo. Observe a combinação duplicada das duas primeiras colunas nas linhas 1 e 2.
mydf <- data.frame(
  period = c(10001, 10001, 10002, 10002, 10003, 10003, 10001, 10001),
  date = c(2005, 2005, 2006, 2007, 2005, 2006, 2006, 2007),
  rating = c("RD", "GN", "GD", "GD", "YW", "GN", "GD", "YN"))
mydf
#   period date rating
# 1  10001 2005     RD
# 2  10001 2005     GN
# 3  10002 2006     GD
# 4  10002 2007     GD
# 5  10003 2005     YW
# 6  10003 2006     GN
# 7  10001 2006     GD
# 8  10001 2007     YN

Quando você tenta dcast , apenas "conta" o número em cada combinação.
## Not what you want
dcast(mydf, period ~ date, value.var="rating")
# Aggregation function missing: defaulting to length
#   period 2005 2006 2007
# 1  10001    2    1    1
# 2  10002    0    1    1
# 3  10003    1    1    0

Decida qual linha duplicada deve ser descartada ou, se todos os dados pertencerem ao seu conjunto de dados, adicione uma variável "time", como esta:
mydf$time <- ave(1:nrow(mydf), mydf$period, mydf$date, FUN = seq_along)
mydf
#   period date rating time
# 1  10001 2005     RD    1
# 2  10001 2005     GN    2
# 3  10002 2006     GD    1
# 4  10002 2007     GD    1
# 5  10003 2005     YW    1
# 6  10003 2006     GN    1
# 7  10001 2006     GD    1
# 8  10001 2007     YN    1

Agora, dcast deve funcionar bem. Aqui está uma versão semi-longa...
dcast(mydf, period + time ~ date, value.var="rating")
#   period time 2005 2006 2007
# 1  10001    1   RD   GD   YN
# 2  10001    2   GN <NA> <NA>
# 3  10002    1 <NA>   GD   GD
# 4  10003    1   YW   GN <NA>

... e uma versão semi-larga.
dcast(mydf, period ~ date + time, value.var="rating")
#   period 2005_1 2005_2 2006_1 2007_1
# 1  10001     RD     GN     GD     YN
# 2  10002   <NA>   <NA>     GD     GD
# 3  10003     YW   <NA>     GN   <NA>