Há uma página de perguntas frequentes do NetBeans sobre isso.
Em resumo:
Adicione as opções de depuração remota ao seu comando Java. Por exemplo:
-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,address=8888,suspend=n
Em seguida, use a opção anexar depurador no NetBeans e selecione seu servidor e a porta que você usou acima (8888). É muito fácil.
Você pode querer pensar em considerações de rede e firewall, pois você deve ter notado que não há senhas envolvidas, então qualquer pessoa que possa se conectar à porta pode depurar seu aplicativo. Isso pode ser um grande risco de segurança. Seu provedor de VPS provavelmente tem algumas ferramentas para ajudar na configuração de uma conexão segura e privada.