Acontece que o Hibernate não criou uma tabela de junção por causa de Médicos chave primária estendendo o tamanho permitido. Foi no entanto, capaz de criar Médicos mesa sozinho. Então, para corrigi-lo, tive que limitar o tamanho do id. Mudei de Médicos id assim:
@Id
@Column(length = 11)
@NotNull
private String pesel;
E agora a tabela de junção pode ser criada pelo Hibernate.
