você olhou para a chaleira do pentaho (ou integração de dados do pentaho)? http://kettle.pentaho.org/

nós o usamos para copiar e manter sistemas de banco de dados díspares sincronizados, como mssql<->mysql, que parece ser o que você está pedindo.

kettle é ainda mais poderoso do que isso, permitindo que você consulte bancos de dados ldap, arquivos de texto direto, etc...

sua ferramenta de diagramação é semelhante em aparência aos dts da microsoft (mas mais poderosa, imho)