Algumas opções:
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Invista em uma ferramenta de transformação de dados que se conecte ao NetSuite e DB2 ou MySQL. Veja Dell Boomi, IBM Cast Iron, etc. Essas ferramentas permitem que você se conecte a ambos os sistemas, defina os dados a serem extraídos, execute funções e mapeamentos de transformação de dados e faça todas as inserções/atualizações ou o que você precisar fazer.
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Para MySQL para NetSuite, scripts php podem ser escritos para acessar MySQL e NetSuite. No lado do NetSuite, você pode fazer serviços Web SOAP ou escrever APIs REST personalizadas no NetSuite. O SOAP é provavelmente um pouco mais lento que o REST, mas com o REST, você mesmo precisa escrever a API (JavaScript do lado do servidor - não é difícil, mas há uma curva de aprendizado).
Espero que isto ajude.
