Você provavelmente deve representar países/cidades como polígonos no banco de dados e, em seguida, usar funções de interseção de polígonos no estilo OpenGIS para fazer a interseção.

Mas , o MySQL não implementar a interseção de polígonos corretamente (somente MBR - Minimum Bounding Rectangle). Portanto, essa abordagem, embora correta em teoria, simplesmente não funcionará para você com o MySQL. Você pode querer considerar a mudança para o Postgres.

O que você pode fazer é usar os recursos de interseção MBR do seu banco de dados e complementá-los com seu próprio código que faz a interseção de polígono/ponto (você pode encontrar bibliotecas que fazem isso).