mysqlhotcopy não funciona em certos casos em que o readlock é perdido e não funciona com tabelas INNODB.

mysqldump é mais usado porque pode fazer backup de todos os tipos de tabelas.

Da documentação do MySQL

mysqlhotcopy é um script Perl que foi originalmente escrito e contribuído por Tim Bunce. Ele usa LOCK TABLES, FLUSH TABLES e cp ou scp para fazer um backup de banco de dados rapidamente. É a maneira mais rápida de fazer backup do banco de dados ou de tabelas individuais, mas pode ser executado apenas na mesma máquina em que os diretórios do banco de dados estão localizados. mysqlhotcopy funciona apenas para fazer backup de tabelas MyISAM e ARCHIVE. Funciona em Unix e NetWare

O mysqldump client é um programa de backup originalmente escrito por Igor Romanenko. Ele pode ser usado para despejar um banco de dados ou uma coleção de bancos de dados para backup ou transferência para outro servidor SQL (não necessariamente um servidor MySQL). O dump normalmente contém instruções SQL para criar a tabela, preenchê-la ou ambos. No entanto, mysqldump também pode ser usado para gerar arquivos em CSV, outro texto delimitado ou formato XML.

Tchau.