1 e 2 são idênticos - ambos criam dois índices exclusivos, um para cada chave. O nº 3 cria apenas um índice exclusivo em ambas as chaves, portanto, nenhuma combinação de nome de usuário e e-mail pode ser duplicada, mas, por exemplo, um nome de usuário pode ser duplicado desde que um e-mail diferente seja usado.

Parece que você provavelmente quer um dos dois primeiros. UNIQUE e UNIQUE KEY são equivalentes.