Eu encontrei exatamente o mesmo problema e perdi quase dois dias tentando descobrir isso. Parece ser um bug nos mapeamentos EntityFramework para MySql.
A solução é mover o DateTime.UtcNow cálculo fora do lambda no escopo e insira o valor real.
var utcNow = DateTime.UtcNow;
query = query.Where(p => p.Published);
query = query.Where(p => !p.StartDate.HasValue || p.StartDate <= utcNow);
query = query.Where(p => !p.EndDate.HasValue || p.EndDate >= utcNow);
