Mesmo que eu não seja a favor de salvar dados assim, aqui está o que você pode fazer, se realmente quiser fazer dessa maneira. Sugiro que você tenha uma tabela desnormalizada e armazene seus vals lá
em seu HTML você pode ter suas caixas de seleção assim (considerando que você está armazenando ids de algum tipo)
<input type="checkbox" name="ids[]" value"1" />
<input type="checkbox" name="ids[]" value"24" />
<input type="checkbox" name="ids[]" value"56" />
<input type="checkbox" name="ids[]" value"100" />
No seu lado php você pode usar a função implode para formar ids em uma string como mostrado abaixo (considerando que você está fazendo um POST)
$ids = implode(",",$_POST["ids"]);
Onde você lê do banco de dados, você pode transformar o valor de db em um array como este
$ids_array = explode(",",$row->ids);
Eu espero que isso ajude
