Você pode fazer isso diretamente no banco de dados usando MySQL
SUBTIME()
// from the manual
mysql> SELECT SUBTIME('2007-12-31 23:59:59.999999','1 1:1:1.000002');
-> '2007-12-30 22:58:58.999997'
Ou você pode obter o tempo do MySQL e fazê-lo no PHP usando
DateTime::sub()
// again from the manual
<?php
$dateA = date_sub('2000-01-20', date_interval_create_from_date_string('1 second'));
?>