binlog-ignore-db é uma configuração do lado do mestre, informa ao mestre para não registrar as alterações que ocorrem no banco de dados listado.

replicate-ignore-db é uma configuração do lado do escravo, diz ao escravo para ignorar as informações de log de entrada relacionadas ao banco de dados listado

O caso de uso típico é quando você deseja replicar diferentes bancos de dados de um único mestre para diferentes escravos. O Mestre deve registrar todas as alterações que ocorrem em todos os bancos de dados (menos aquelas possivelmente excluídas por binlog-ignore-db , ou seja, banco de dados que não será replicado em nenhum lugar).

Cada Slave receberá o log binário completo, mas apenas replicará as alterações relacionadas aos bancos de dados selecionados (ou seja, bancos de dados não excluído por replicate-ignore-db -- esta lista seria diferente em cada Slave).

(mysql banco de dados sendo um banco de dados do sistema, deve ser ignorado de ambos os lados, a menos que você realmente, realmente sabe o que está fazendo).