Há há um caminho, mas no estágio em que a estrutura está agora é uma estrada não pavimentada. Basicamente, você precisaria escrever um wrapper que traduzisse do SQL para o Minimongo do Meteor e vice-versa. Não é uma tarefa viável se você já não for um mestre do Meteor e do Mongo.
Houve tentativas de escrever tal adaptador. O mais avançado que conheço é este:https://github.com/drorm/meteor-sql . É possível usar para brincar, mas não acho que esteja pronto para produção. Além disso, atualmente não maneira de usar o sistema de contas Meteor com qualquer coisa que não seja o Mongo. Você precisa usá-lo de qualquer maneira para contas de usuário ou desistir de uma grande conveniência que eles fornecem.
Eu aconselho você a experimentar o Meteor como está atualmente, junto com o Mongo - é mais fácil do que você pensa. Ele não adiciona muita curva de aprendizado e, além de filtrar e atualizar operadores, você não notará que usa algum banco de dados estranho - é como trabalhar com objetos Javascript nativos. Não há esquema, nem migrações, nem mapeamento de objetos necessário. Você apenas pega os dados, os coloca em uma coleção e esquece todo o resto que o SQL fez você pensar.